|
|
|
|
|
 |
جستجو در مقالات منتشر شده |
 |
|
1 نتیجه برای Cdk-2
مجید اسدی سامانی، نوید جمالی، جواد صفاری چالشتری، کوروش اشرفی دهکردی،
دوره 22، شماره 1 - ( 1-1401 )
چکیده
زمینه و هدف: کیناز وابسته به سیکلین2 (CDK-2) یک سرین/ترئونین پروتئین کیناز با فعالیت تنظیمی در چرخه سلولی است. مهارکننده‌های این پروتئین با توقف چرخه سلولی راهکارهای انتخابی برای درمان انواع سرطانها هستند. در این مطالعه شبیه سازی شده، اثرات داکینگ ودینامیک مولکولی Abemaciclib،Hymenialdisine وIndirubin بر CDK-2 به عنوان یکی از مهمترین فاکتورهای موثر در چرخه سلولی مورد بررسی قرار گرفته است.
روش‌کار: فایل PDB پروتئین CDK-2و ساختار سه بعدیAbemaciclib ،Hymenialdisine و Indirubin به ترتیب از بانک اطلاعات پروتئین (http://www.rcsb.org) و سرور pubchem به دست آمدند. پس از شبیهسازی CDK-2 در نرمافزار Gromacs، داکینگ مولکولی ترکیبات بر روی CDK-2 توسط نرمافزار AutoDock 4.2 انجام شد. در نهایت مهمترین فاکتورهای دینامیک مولکولی مانند RMSD، شعاع چرخشی و انرژی کل در حالت قبل از داکینگ در مقایسه با این فاکتورها در مرحله بعد از داکینگ مورد آنالیز قرار گرفتند.
یافته ها: Abemaciclib با آزادسازی انرژی اتصال معادل kcal/mol 8/23- بیشترین تمایل برای اتصال به اسیدهای آمینه موجود در جایگاه اتصال CDK-2 دارد. در عین حال اتصالAbemaciclib ،Hymenialdisine وIndirubin به CDK-2، منجر به کاهش معنادار در برخی فاکتورهای دینامیک مولکولی مانند میانگین انرژی کل، شعاع چرخشی، RMSD و همچنین ایجاد تغییر در ساختار ثانویه CDK-2 شدند.
نتیجه‌گیری:Abemaciclib ،Hymenialdisine و Indirubin تمایل بالایی برای برهمکنش با CDK-2 دارند. بر اساس نتایج شبیهسازی دینامیک مولکولی، ساختار ثانویه CDK-2 پس از اتصال هر لیگاند به آن تغییر می‌کند و مجموعه لیگاند و پروتئین را پایدارتر می‌کند.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
.png)
.png){kind=small}
